ในซีซันที่ 3 ของ Fringe เรื่องราวจะดำเนินไปในรูปแบบ สองโลกขนาน โดยสลับการเล่าเรื่องระหว่างจักรวาลหลัก (Blue Universe) และจักรวาลคู่ขนาน (Red Universe) ซึ่งในช่วงต้นซีซัน Olivia Dunham ตัวจริงถูกขังไว้ในจักรวาลคู่ขนานและถูกล้างสมองให้เชื่อว่าเธอคือ Fauxlivia ในขณะที่ Fauxlivia ตัวปลอมได้แฝงตัวเข้ามาทำภารกิจในจักรวาลหลักเพื่อสืบหาข้อมูลและขโมยชิ้นส่วนของ เครื่องจักรสังหารโลก ที่ถูกสร้างขึ้นโดยฝีมือของ Walternate (Walter ในเวอร์ชันคู่ขนาน)เมื่อ Olivia เริ่มจำตัวตนที่แท้จริงได้ เธอจึงพยายามหาทางข้ามกลับมายังโลกเดิมจนสำเร็จ แต่การกลับมาของเธอก็สร้างความร้าวฉานในความสัมพันธ์กับ Peter Bishop เพราะเขาไม่ได้สังเกตเห็นความผิดปกติขณะที่อยู่กับ Fauxlivia ด้าน Walternate ยังคงเดินหน้าแผนการทำลายโลกฝั่งหลักเพื่อรักษาโลกของตัวเองที่กำลังล่มสลาย โดยใช้ Peter เป็นกุญแจสำคัญในการเดินเครื่องจักร เนื่องจาก Peter มีดีเอ็นเอที่เชื่อมโยงกับอุปกรณ์โบราณนี้ความตึงเครียดพุ่งสูงขึ้นเมื่อเครื่องจักรในทั้งสองโลกเริ่มทำงานและสร้างความเสียหายอย่างรุนแรงต่อโครงสร้างมิติ ในตอนท้าย Peter ตัดสินใจก้าวเข้าไปในเครื่องจักรและได้รับนิมิตถึงอนาคตในปี 2026 ที่โลกต้องพังพินาศจากการตัดสินใจทำลายฝ่ายตรงข้าม เขาจึงใช้พลังของเครื่องจักรสร้าง สะพาน เชื่อมต่อทั้งสองจักรวาลเข้าด้วยกันเพื่อให้ทั้งสองฝ่ายร่วมมือกันแก้ไขวิกฤตแทนการทำลายล้างกันเอง แต่ผลจากการเปลี่ยนเส้นทางเวลาครั้งนี้ทำให้ Peter หายตัวไปจากหน้าประวัติศาสตร์ โดยที่ไม่มีใครในทั้งสองจักรวาลจดจำได้ว่าเขาเคยมีตัวตนอยู่เลย