หลังจากทีมไรมอนคว้าแชมป์ฟุตบอลฟรอนเทียร์ได้สำเร็จ พวกเขากลับมาพบว่าโรงเรียนไรมอนและโรงเรียนอื่นๆ ทั่วประเทศถูกทำลายล้างโดยกลุ่มคนที่อ้างตัวว่าเป็นเอเลี่ยนจาก โรงเรียนเอเลีย ซึ่งใช้ฟุตบอลเป็นอาวุธในการเข้ายึดครองและสร้างความวุ่นวายเพื่อปกป้องวงการฟุตบอลและโลกใบนี้ เอนโด มาโมรุ และสมาชิกทีมไรมอนจึงออกเดินทางไปทั่วประเทศด้วยรถ อินาสึมะ คาราวาน ภายใต้การนำของโค้ชคนใหม่ ฮิโตมิโกะ คิระ เพื่อตามหานักเตะฝีมือดีจากภูมิภาคต่างๆ มาร่วมทีม ไม่ว่าจะเป็น ฟุบุคิ ชิโร่, สึนามิ โจสึเกะ โคกุเระ ยูยะ และคนอื่นๆ ถึงแม้ช่วงแรก โกเอนจิ ชูยะ จะต้องออกจากทีมไปเพราะถูกเสี่ยวมู่และพวกเอเลียข่มขู่เรื่องความปลอดภัยของน้องสาว แต่เขาก็สามารถกลับมาร่วมทีมได้อีกครั้งเมื่อปัญหาได้รับการแก้ไขพวกเขิต้องเผชิญหน้าและพัฒนาตัวเองเพื่อเอาชนะทีมของโรงเรียนเอเลียตามลำดับความแข็งแกร่ง ตั้งแต่ เจมินี่ สตอร์ม, เอปซิรอน ไปจนถึงท็อปออพชั่นอย่าง โพรมีเนนซ์, ไดมอนด์ดัสต์ และ เจเนซิส ในระหว่างการต่อสู้ ทีมไรมอนได้ค้นพบความจริงว่า แท้จริงแล้วพวกเอเลียไม่ใช่สิ่งมีชีวิตจากต่างดาว แต่เป็นเด็กกำพร้าที่ถูกพลังของ อุกกาบาตเอเลีย ดึงพลังกายภาพออกมาเกินขีดจำกัดมนุษย์ โดยมี เซจิโร่ คิระ (พ่อของโค้ชฮิโตมิโกะ) อยู่เบื้องหลังเพื่อสร้างกองทัพมนุษย์ไร้พ่ายในศึกสุดท้าย ทีมไรมอนสามารถก้าวข้ามขีดจำกัดด้วยพลังแห่งมิตรภาพ เอาชนะทีมเจเนซิสลงได้สำเร็จ และยังสามารถเอาชนะอดีตเพื่อนร่วมทีมไรมอนที่ถูกพลังอุกกาบาตเอเลียครอบงำ (ทีมดาร์กเอมเพอเรอร์ส) ช่วยให้ทุกคนตื่นจากมโนภาพ และคืนความสุขความสนุกในการเล่นฟุตบอลที่แท้จริงกลับมาได้อีกครั้ง