ในปี 1999 อุกกาบาตตกสู่โลก โดยสถานที่ที่อุกกาบาตตกลงมา คือ เมืองชิบูยะ มหานครโตเกียว สิ่งที่มาพร้อมกับอุกกาบาตนั่นคือ มนุษย์ต่างดาว องค์กร ZECT ได้เรียกขานสิ่งเหล่านั้นว่า เวิร์มเวิร์มมีความสามารถที่น่าสะพรึงกลัวและมิอาจคาดเดาได้ พวกเวิร์มมีจุดมุ่งหมายที่จะเข้ามาอยู่แทนที่มนุษย์บนโลกให้หมด พวกมันจึงทำการลอกแบบมนุษย์ที่มันพบ และสังหารต้นแบบทิ้ง และทำการสวมรอยเป็นคนๆนั้นต่อไปเมื่อองค์กร ZECT ล่วงรู้ความเคลื่อนไหวของเวิร์ม จึงคิดค้นระบบต่อต้านเวิร์ม ที่เรียกว่า มาสค์ไรเดอร์ ซิสเต็ม ขึ้นมา เพื่อที่ต่อกรและไล่ล่าเวิร์มในขณะเดียวกัน คางามิ อาราตะ ชายหนุ่มผู้เรียบง่าย ได้พบเจอกับ เทนโด โซจิ ชายหนุ่มปริศนาผู้มาพร้อมกับคาบูโตะ เซ็กเตอร์ การปรากฏตัวขึ้นท่ามกลางการต่อสู้ของ ZECT และ เวิร์ม ของเทนโด และการก้าวย่างสู่การต่อสู้ของคางามิ ทำให้ทั้ง2 ได้พบกับปริศนาอันสุดจะหยั่งถึง ของเวิร์ม และ เบื้องหลังอันเป็นปริศนาของ ZECT ทำให้ทั้ง 2 ต้องต่อสู้เพื่อความถูกต้องและนำโลกสู่สันติสุขอีกครั้ง ก่อนที่ทุกอย่างจะสายเกินแก้