ข้อมูลภาพยนตร์:สิบปีหลังจากเหตุการณ์ในภาคที่สอง โลกถูกแบ่งออกเป็นสองกลุ่มหลัก ได้แก่ Green Earth และ Blue Earth ซึ่งต้องร่วมมือกันเพื่อฟื้นฟูและสร้างอนาคตใหม่ ในช่วงเวลานี้ Eureka Thurston ได้เข้าร่วมกับ A.C.I.D. หน่วยงานอิสระของสหประชาชาติ เพื่อปกป้อง Iris McKenzie หญิงสาวที่มีลักษณะคล้ายกับ Eureka และมีพลังพิเศษที่คล้ายกับของเธอ Eureka และ Anemone ซึ่งตอนนี้เป็นพันธมิตรที่ใกล้ชิด ต้องร่วมมือกันเพื่อหยุดยั้งแผนการของ Dewey Novak ที่ต้องการทำลายโลก ในท้ายที่สุด Eureka และ Renton ได้กลับมาพบกันอีกครั้งและหายไปพร้อมกันใน Nirvash โดยสัญญาว่าจะไปยังที่ที่พวกเขาต้องการ
