ข้อมูลภาพยนตร์:เรื่องราวเกิดขึ้นหลังจากสงครามครั้งใหญ่ในภาคแรกผ่านไป 2 ปี สันติภาพอันเปราะบางระหว่างชาวโลก (เนเชอรัล) และชาวแพลนท์ (โคออร์ดิเนเตอร์) ต้องพังทลายลงอีกครั้งเมื่อเกิดเหตุการณ์ก่อการร้ายทิ้งซากโคโลนี่ ยูเนียสเซเว่น ลงสู่โลก ส่งผลให้ความขัดแย้งระหว่างสองเผ่าพันธุ์ปะทุขึ้นมาใหม่เป็นสงครามเต็มรูปแบบศูนย์กลางของเรื่องราวมุ่งไปที่ ชิน อาสุกะ เด็กหนุ่มนักบินของซาฟท์ผู้สูญเสียครอบครัวไปจากสงครามครั้งก่อน เขาขับโมบิลสูท ฟอร์ซ อิมพัลส์ กันดั้ม ด้วยความโกรธแค้นและศรัทธาในอุดมการณ์ของ กิลเบิร์ต ดูรันดัล ประธานสภาซาฟท์คนใหม่ ในขณะเดียวกัน อัสรัน ซาร่า ได้กลับเข้าสู่กองทัพซาฟท์เพื่อพยายามยับยั้งสงคราม ส่วน คิระ ยามาโตะ และ ลักส์ ไคลน์ จำต้องกลับมาขึ้นขับกันดั้มอีกครั้งหลังถูกลอบโจมตี เพื่อปกป้องผู้คนและหยุดยั้งความบ้าคลั่งของทั้งสองฝ่ายความขัดแย้งทวีความรุนแรงขึ้นเมื่อประธานดูรันดัลเปิดเผยแผนการ เดสทินีแพลน ซึ่งต้องการควบคุมชะตากรรมและบทบาทของมนุษย์ทุกคนเพื่อสร้างสันติภาพที่ไร้สงคราม นำไปสู่การเผชิญหน้าและแตกหักระหว่างกลุ่มของคิระ-อัสรันที่ต้องการเสรีภาพ กับกลุ่มของชินที่เชื่อมั่นในความสงบสุขที่ถูกกำหนดไว้ ในที่สุด ฝ่ายคิระและพันธมิตรสามารถเอาชนะและยุติแผนการดังกล่าวลงได้ ทำให้ชินตระหนักถึงความผิดพลาดของตน และร่วมมือกันสร้างอนาคตที่มนุษยชาติสามารถเลือกทางเดินชีวิตของตนเองได้อย่างแท้จริง
