ในปี 2050 บนเกาะอัลคาทราซที่ถูกเปลี่ยนเป็นเขตอนุรักษ์สัตว์ป่าทางทะเลและศูนย์วิจัยล้ำสมัย คอง ลิงยักษ์ผู้มีจิตใจอ่อนโยนและผูกพันกับเด็กหนุ่มชื่อลูคัส ถูกริชาร์ด เรมี่ น้องชายฝาแฝดผู้ชั่วร้ายของลูคัสจัดฉากใส่ร้ายว่าเป็นสัตว์ดุร้ายที่ก่อความวุ่นวายและเป็นภัยคุกคามต่อมนุษยชาติ เพื่อกำจัดคองให้พ้นทางและปูทางให้เทคโนโลยีหุ่นยนต์ไดโนเสาร์ (Bionobots) ของตนเองได้รับความนิยมคองและลูคัสกลายเป็นผู้หลบหนีการตามล่าจากกองกำลังของริชาร์ดและทางการ โดยมีเพื่อนๆ ร่วมมือคอยช่วยเหลืออย่างลับๆ ทั้งหมดต้องต่อสู้กับกองทัพหุ่นยนต์สังหารและสัตว์ชีวกลายพันธุ์ พร้อมทั้งหาทางเปิดโปงความจริงเพื่อล้างมลทินให้คอง และหยุดยั้งแผนการยึดครองโลกของริชาร์ดให้สำเร็จ