Minerva Academy ซีซั่น 1 เล่าเรื่องราวในโรงเรียนประจำชั้นสูงอันทรงเกียรติที่ซ่อนตัวอยู่ห่างไกลจากสายตาผู้คน สถานที่บ่มเพาะทายาทตระกูลชนชั้นนำและอัจฉริยะรุ่นใหม่เพื่อเตรียมก้าวขึ้นสู่การเป็นผู้นำระดับโลก ภายใต้ภาพลักษณ์การศึกษาอันสมบูรณ์แบบ วินัยเข้มงวด และประเพณีเก่าแก่ กลับมีการแก่งแย่งชิงดีในระบบลำดับชั้นอำนาจที่ไร้ความปรานี รวมถึงการแข่งขันทางวิชาการและสังคมที่พร้อมเหยียบย่ำผู้ที่อ่อนแอกว่าเรื่องราวเริ่มต้นขึ้นเมื่อนักเรียนทุนหัวกะทิผู้มีภูมิหลังธรรมดาได้ก้าวเข้ามาในสถาบันแห่งนี้ และเริ่มสัมผัสได้ถึงความผิดปกติเบื้องหลังการหายตัวไปอย่างลึกลับของนักเรียนรุ่นก่อน ยิ่งพยายามสืบหาความจริงร่วมกับกลุ่มเพื่อนที่ไม่ยอมจำนนต่อระบบ ก็ยิ่งค้นพบเครือข่ายสมาคมลับของเหล่าผู้บริหารและศิษย์เก่าทรงอิทธิพลที่ใช้โรงเรียนแห่งนี้เป็นเครื่องมือทดลองทางจิตวิทยาและควบคุมอนาคตของเยาวชน นำไปสู่การต่อสู้เพื่อเปิดโปงด้านมืดของสถาบัน ท่ามกลางอันตรายที่อาจต้องแลกด้วยสถานะและชีวิตของพวกเขาเอง