ข้อมูลภาพยนตร์:ในยุคศักราช Cosmic Era 71 เกิดความขัดแย้งรุนแรงระหว่าง เนเชอรัล (Natural) มนุษย์ธรรมดาบนโลก และ โคออร์ดิเนเตอร์ (Coordinator) มนุษย์ดัดแปลงพันธุกรรมที่อาศัยอยู่บนโคโลนีอวกาศนามว่า PLANT ซึ่งมีกองกำลังติดอาวุธคือ ZAFTเรื่องราวเริ่มต้นขึ้นเมื่อโคโลนีเป็นกลาง เฮลิโอโพลิส ถูกกองทัพ ZAFT บุกโจมตีเพื่อชิงหุ่นยนต์โมบิลสูทต้นแบบตระกูล Gundam ทั้ง 5 เครื่องที่ฝ่ายกองทัพโลกแอบพัฒนาขึ้น คิระ ยามาโตะ เด็กหนุ่มโคออร์ดิเนเตอร์ผู้รักสงบ จำเป็นต้องขึ้นขับ Strike Gundam เพื่อปกป้องเพื่อนๆ ของเขา และจับพลัดจับผลูต้องต่อสู้กับ อัสรัน ซาร่า เพื่อนรักในวัยเด็กที่กลายมาเป็นนักบินของฝ่าย ZAFTคิระต้องร่วมเดินทางไปกับยาน Archangel ของกองทัพโลก และเผชิญหน้ากับความเจ็บปวดจากการรบ ความสูญเสีย และอคติทางสายเลือด เมื่อสงครามทวีความรุนแรงจนผู้นำของทั้งสองฝ่ายต่างคิดจะล้างบางอีกฝ่ายให้สิ้นซาก คิระและอัสรันจึงได้เรียนรู้ความจริงเบื้องหลังและตัดสินใจหันมาร่วมมือกัน พร้อมด้วยหุ่นยนต์รุ่นใหม่อย่าง Freedom Gundam และ Justice Gundam เพื่อหยุดยั้งสงครามล้างเผ่าพันธุ์และเปิดทางสู่สันติภาพที่แท้จริง
