หลังจากเหตุการณ์ใหญ่ในภาคแรก อุซางิกับเพื่อน ๆ กลับมาใช้ชีวิตแบบเด็กสาวธรรมดาอีกครั้ง แต่ความสงบอยู่ได้ไม่นาน เมื่อศัตรูใหม่ปรากฏตัว—กลุ่มเอเลี่ยนอย่างอาร์ตและแอน ที่หวังจะใช้พลังแห่งต้นไม้แห่งความมืดในการดำรงชีวิต พวกเขาส่งมอนสเตอร์ออกมาเก็บพลังงานจากผู้คน ทำให้เหล่าเซเลอร์นักรบต้องกลับมารวมตัวกันอีกครั้งต่อมา เรื่องราวยิ่งเข้มข้นขึ้นเมื่อจิบิอุสะ เด็กหญิงลึกลับจากอนาคต เดินทางข้ามเวลามาตามหาพลัง คริสตัลเงิน เพื่อนำกลับไปช่วยแม่ของเธอ พร้อมกับการปรากฏตัวของกลุ่ม “Black Moon Clan” ที่ตามมาเพื่อขัดขวางภารกิจของเธอ เหล่าเซเลอร์ต้องเผชิญหน้ากับศัตรูที่ร้ายกาจกว่าเดิม ขณะเดียวกันก็ต้องไขปริศนาความลับของจิบิอุสะ และอนาคตที่เชื่อมโยงกับพวกเธออย่างลึกซึ้งภาคนี้เน้นเรื่องความรัก มิตรภาพ และการเติบโตภายในจิตใจของแต่ละตัวละคร พร้อมทั้งขยายโลกของ Sailor Moon ให้กว้างขึ้น ทั้งด้านอารมณ์และเนื้อหา