Star Wars Rebels ซีซั่น 2 เปิดฉากด้วยภัยคุกคามครั้งใหญ่เมื่อจักรวรรดิส่ง ดาร์ธ เวเดอร์ มากำราบกลุ่มกบฏด้วยตัวเอง ลูกเรือยานโกสต์ต้องเผชิญกับพลังอำนาจที่เทียบไม่ติดจนเกือบเอาชีวิตไม่รอด ขณะเดียวกัน อโซกา ทาโน ก็เริ่มสัมผัสได้ถึงความจริงอันน่าสะพรึงกลัวว่าเวเดอร์คือ แอนาคิน สกายวอล์คเกอร์ อดีตอาจารย์ของเธอ เมื่อถูกไล่ล่าอย่างหนัก เอซรา บริดเจอร์, เคแนน จารัส และทีม จึงตัดสินใจเข้าร่วมกับกองเรือกบฏอย่างเป็นทางการเพื่อหาฐานทัพลับแห่งใหม่ พร้อมทั้งดึงตัวอดีตโคลนทรูเปอร์ นำโดย กัปตันเร็กซ์ มาร่วมเสริมทัพ ท่ามกลางการถูกตามล่าไม่หยุดหย่อนจากเหล่านักล่าเจไดกลุ่มใหม่ หรือ อินควิซิเตอร์ตลอดทั้งซีซั่น เอซราต้องเผชิญหน้ากับความจริงเรื่องการเสียชีวิตของพ่อแม่ ซึ่งทำให้จิตใจของเขาเริ่มสั่นคลอนและถูกดึงดูดเข้าสู่พลังด้านมืด เคแนนจึงพยายามเคี่ยวเข็ญฝึกฝนเขาอย่างเต็มที่ จนกระทั่งทั้งหมดเดินทางไปยังดาวมาลาคอร์เพื่อค้นหาความรู้ในการเอาชนะศัตรู ที่นั่นเอซราได้พบกับ มอล (อดีตดาร์ธ มอล) ผู้หลอกใช้ความอ่อนต่อโลกของเอซราให้เปิดโฮโลครอนของซิธและเปิดใช้งานสุดยอดอาวุธโบราณ สถานการณ์เลวร้ายลงเมื่อมอลหักหลังและใช้ดาบฟันเข้าที่ดวงตาของเคแนนจนตาบอดสนิท แต่เคแนนก็ยังใช้พลังและสติเอาชนะมอลจนอีกฝ่ายต้องล่าถอยไปไคลแมกซ์ของซีซั่นจบลงด้วยการเผชิญหน้าอันน่าเจ็บปวดระหว่างอโซกากับดาร์ธ เวเดอร์ ในวิหารซิธที่กำลังจะถล่ม อโซกาตัดสินใจไม่ทอดทิ้งอดีตอาจารย์ของเธออีกต่อไปและยอมสู้ถ่วงเวลาเพื่อให้เอซราและเคแนนหลบหนีขึ้นยานโกสต์ได้ทัน การต่อสู้สิ้นสุดลงด้วยการระเบิดครั้งใหญ่ ทิ้งชะตากรรมของอโซกาไว้เป็นปริศนา เคแนนต้องยอมรับชีวิตใหม่ในฐานะเจไดตาบอด ส่วนเอซรากลับมาพร้อมกับโฮโลครอนของซิธที่เขาเริ่มเปิดใช้งานด้วยพลังด้านมืด ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นของความเปลี่ยนแปลงครั้งใหญ่ในตัวเขา