ข้อมูลภาพยนตร์:ในซีซันนี้ ทีม Atlantis ต้องเผชิญกับอันตรายทั้งจาก Wraith ที่พยายามบุก Earth และจากศัตรูใหม่ร้ายกาจ คือ Asurans หรือ Replicators (นาโนบ็อตอัตโนมัติ) ที่มีเป้าหมายทำลาย Atlantis และมนุษย์ทั้งจักรวาล เริ่มต้นซีซันด้วยภารกิจคลี่คลายเรื่อง Wraith: ทีมพยายามหยุดยั้งยานรัง Wraith ที่มุ่งหน้าไปยัง Earth ในตอนแรก (No Man’s Land) โดยใช้ retrovirus ที่แปลง Wraith ให้กลายเป็นมนุษย์ชั่วคราว ซึ่งช่วยให้ทีมรอดและจับตัวเรือได้
