ข้อมูลภาพยนตร์:ในซีซันที่สองนี้ เรื่องราวเริ่มต้นด้วยการขึ้นสู่ชั้นปีที่ 2 ของ ยูกิ จูได ที่ดูเอลอะคาเดมี่ ท่ามกลางการปรากฏตัวของศัตรูกลุ่มใหม่ที่เรียกตนเองว่า "สมาคมแห่งแสง" (Society of Light) นำโดย ไซโอ ทาคุมะ ผู้ใช้เด็คอาร์คานาฟอร์ซที่มีพลังพยากรณ์อนาคต ไซโอได้ใช้พลังล้างสมองเหล่านักเรียนในโรงเรียน รวมถึงตัวละครหลักอย่าง มันโจเมะ จุน และ เท็นโจอิน อาสึกะ ให้กลายเป็นสาวกชุดขาวที่ยอมสยบต่อโชคชะตาจูไดต้องเผชิญกับวิกฤตครั้งใหญ่เมื่อเขาพ่ายแพ้ให้กับ เอ็ด ฟีนิกซ์ นักดูเอลอัจฉริยะผู้ใช้เด็ค Destiny HERO จนทำให้จูไดสูญเสียความสามารถในการมองเห็นการ์ดไปชั่วขณะ เขาจึงต้องออกเดินทางไปในอวกาศ (ในจิตใต้สำนึก) และได้รับพลังใหม่จากเหล่า นีโอสเปเชียน (Neospectians) กลายเป็นเด็ค E-HERO Neos ที่แข็งแกร่งกว่าเดิมเพื่อกลับมาต่อกรกับอำนาจมืดที่กำลังกลืนกินโรงเรียนจุดพีคของซีซันนี้อยู่ที่การต่อสู้เพื่อหยุดยั้งแผนการของไซโอที่ต้องการใช้ดาวเทียมทำลายล้างโลกเพื่อ ชำระล้าง มวลมนุษย์ ขณะเดียวกัน มารุฟูจิ เรียว (ไคเซอร์) ก็ได้ก้าวเข้าสู่เส้นทางสายมืดกลายเป็น เฮลไคเซอร์ หลังจากพ่ายแพ้ให้กับเอ็ด ศึกสุดท้ายเป็นการดวลกันระหว่างจูไดและไซโอเพื่อพิสูจน์ว่า พลังแห่งมิตรภาพและการกำหนดอนาคตด้วยตัวเอง สามารถเอาชนะ โชคชะตาที่ถูกกำหนดไว้แล้ว ได้หรือไม่ ซึ่งจบลงด้วยการปลดปล่อยทุกคนจากสมาคมแห่งแสงและคืนความสงบสุขให้เกาะอีกครั้ง
